Центр является самостоятельной медицинской научной организацией, имеющей статус государственного учреждения. Центр находится в непосредственном подчинении РАМН и входит в состав Отделения клинической медицины РАМН.

С 2001 года по настоящее время РОНЦ им. Н.Н.Блохина РАМН возглавляет академик РАН и РАМН, профессор Михаил Иванович Давыдов, выдающийся отечественный хирург-онколог, продолжающий лучшие традиции своих предшественников и под чьим руководством в Центре динамически развивается как клиническая, так и экспериментальная онкология.