Центру более 250 лет. История Научного центра здоровья детей восходит к середине XVIII века. Он начал функционировать как «лечебница для детей» при Императорском Московском воспитательном доме, основанном согласно Манифесту Екатерины II от 1 сентября 1763 г. После Октябрьской революции Воспитательный дом был преобразован в Дом охраны младенца (1918), а затем в Научный институт охраны материнства и младенчества (1923). Учреждение уже в качестве НИИ педиатрии в 1945 г. вошло в состав Академии медицинских наук СССР. В 1998 г. путем слияния НИИ педиатрии и НИИ гигиены и охраны здоровья детей создан Научный центр здоровья детей РАМН - федеральное учреждение нового типа для разработки научных основ совершенствования системы охраны здоровья детского населения и координации научных исследований по педиатрии в Российской Федерации, оказания всех видов медицинской помощи детям.

Центр структурирован так, что и в научном, и в практическом плане мы решаем мультидисциплинарные вопросы профилактики, диагностики, лечения, высокотехнологичного лечения и реабилитации.

В условиях круглосуточного пребывания, дневного стационара и консультативно-диагностического центра оказываются все виды медицинской помощи, включая специализированную и высокотехнологичную. Новые медико-организационные формы работы позволили ежегодно увеличивать число пролеченных больных в 1,5 раза. Все виды исследований в Центре являются общедоступными для детей из любых субъектов РФ.

Освоен и работает на полную мощность открытый в 2014 г. новый высокотехнологичный научно-клинического комплекс педиатрии и детской хирургии с уникальным оборудованием, позволяющий существенно повысить качество и объем оказываемой помощи в области педиатрии детям из всех регионов Российской Федерации.