В настоящее время ГБУЗ МО МОНИКИ представляет собой уникальный в России научно-лечебно-учебный комплекс, где работают 101 профессор и доктор наук, 300 кандидатов наук (среди них 4 академика и член-корреспондент АМН, 9 заслуженных деятелей науки, 13 лауреатов Государственной премии), а также около 1200 врачей (среди них 8 заслуженных врачей России, 150 с высшей и I категорией), 600 медицинских сестер. Штатное расписание института включает около 3300 сотрудников. Институт располагает собственным стационаром на 1205 коек (32 клиники), из них хирургического профиля 58%, терапевтического — 42%, детских — 19%. Кроме того, два научных подразделения института находятся на других клинических базах: детское ортопедо-травматологическое отделение  на базе областной детской ортопедо-хирургической больницы (200 коек), детское инфекционное отделение — на базе детской городской больницы No 2 им. Св. Владимира.